Это грибковое поражение грунта и его можно предотвратить. Во-первых, используйте стерильные почвенные смеси для рассады из садовых центров (на этом не стоит экономить!) или дезинфицируйте субстрат собственного приготовления заранее (см. выше). Во-вторых, исключите излишнее увлажнение и застой воды, регулярно поднимайте прозрачные крышки с ящиков и проветривайте рассаду. 
Пикировка Когда ростки в ящике достигают высоты 3-5 см и выпускают второй комплект листьев, наступает время пикировки. Этот процесс включает пересадку более сильных растений в отдельные горшочки. Пикировка необходима для того, чтобы посеянные плотно растения не ослабевали из-за недостатка пространства, питания и освещения, а имели возможность развить сильную корневую систему и надземную часть. Из молодых растений в общем ящике выбирают самые сильные. Их аккуратно вынимают из грунта, предварительно его ослабив обычной вилкой, немного укорачивают корень (это способствует дальнейшему развитию разветвленной корневой системы) и пересаживают в отдельный горшочек. При пересадке растения размещают глубже, чем они сидели в общем ящике, часто под самые первые листья. Почву в горшочке аккуратно уплотняют, прижимая корни растения вниз.
В литературе по садоводству мне встречались разные мнения относительно необходимости пикировки, подчас совершенно противоположные. Некоторые считают, что пикировка является лишним беспокойством для молодых растений и увеличивает вероятность повреждения корневой системы и гибели растения. Другие придерживаются мнения, что пикировка тренирует выносливость растения к стрессу и делает его более сильным. Решение, сеять ли семена сразу в отдельные емкости или делать пикировку в дальнейшем, остается за каждым садоводом и напрямую зависит от наличия подходящего хорошо освещенного пространства для рассады.
Я лично пикирую свои помидоры и перец чили каждый год. Никаких особых проблем это моим растениям не причиняет, если делать пикировку аккуратно. 
Источник: http://www.countrysideliving.net/ART_SowIndoors.html | 
